A diferença está no referencial.
Geralmente você usa "it" quando não quer repetir o tópico da conversa.
Tipo, estamos falando de alguma matéria escolar, digamos história. Se eu pergunto, "do you understand history?" (você entende história?" você responderia "I understand it". Repare que em inglês, raramente é deixado alguma parte da frase em branco (tipo: sujeito, objeto direto), enquanto em português você diria "eu entendo" sem o "isso"
Já this e that se refere geralmente a sua "distância" do tópico, quando não se refere a posição física de algum objeto. Geralmente assuntos que acabaram de ser falados são referidos com this, e que foram referenciados muito antes do tópico corrente.
Um exemplo curto : The topics of this lesson are history and geography. I understand this (geography) but I hate that (history).
VocÊ verá um uso mais apropriado disso em textos.