Olá Raiane,
Eles são quase sinônimos, mas há uma nuance:
"I work best in the morning": Esta frase utiliza a forma superlativa "best". Ao dizer "I work best in the morning", a pessoa está indicando que a manhã é o período em que ela tem o seu desempenho mais elevado em comparação a qualquer outro momento do dia. É uma afirmação de que, entre todas as opções possíveis (manhã, tarde, noite), a manhã é a melhor para o trabalho em termos de produtividade ou qualidade.
"I work better in the morning": a pessoa está indicando que a manhã é um período mais produtivo para ela em comparação com outros momentos, mas não necessariamente o melhor de todos. Há uma comparação implícita com pelo menos um outro período (como a tarde ou a noite), sugerindo que a manhã é superior a esse outro período, mas sem afirmar que é o melhor de todos os possíveis.
"I work best in the morning" é uma declaração mais forte, indicando que a manhã é o período de pico absoluto de produtividade, enquanto "I work better in the morning" é uma comparação relativa, sugerindo que a manhã é melhor do que outros períodos, mas não necessariamente o melhor de todos.
Abraços!