frases de perguntas não deveriam começar pelo verbo to be?

Olá Bruno,

Não existe "have" nesse caso, pois não é assim que se fala em inglês. Em inglês, você "é" uma idade (to be), e não "tem" uma idade.

De qualquer forma, isso ocorreu pois "How..." é um pronome interrogativo, ou seja, uma daquelas palavrinhas que colocamos no início da frase quando fazemos uma pergunta. No caso, a tradução literal de "How" é "Como" ou "Quão". Dessa forma, "How old..." seria algo como "Quão velho...".

A regra não é que o verbo "to be" vem no começo, e sim que o verbo é invertido com o sujeito. No caso, você pode ver que houve essa inversão entre "are" e "you". Exemplos:

• You are 20 years old. (Você tem 20 anos de idade.) - afirmação
• Are you 20 years old? (Você tem 20 anos de idade?) - pergunta simples
• How old are you? (Quantos anos você tem?) - pergunta com pronome interrogativo na frente, mas há a mesma inversão da pergunta simples

Abraços!