Olá Ley,
Esse caso é realmente mais chatinho, e tem a ver a perspectiva. Começamos pelo simples: se você quiser dizer que algo (algum conteúdo, alguma ideia, algum personagem) está "no capítulo 6", você usaria sempre a preposição "in", com a ideia de "dentro do capítulo" mesmo, algo contido naquele capítulo:
- You can find this text in chapter 6. (Você pode encontrar este texto no capítulo 6.)
Porém, você pode mudar um pouco essa perspectiva, e você não está falando sobre algo que está contido no capítulo, mas por exemplo que você está lendo um livro, e "está no capítulo 6"; ou então você é um escritor e ainda não terminou o livro, dizendo que está no capítulo 6". Neste caso, na perspectiva da pessoa, usaríamos a preposição "on":
- How did you like the book? (O que você achou sobre o livro?)
- I still haven't finished reading it, I'm on chapter 6. (Eu ainda não terminei de lê-lo, eu estou no capítulo 6.)
Porém, não se preocupe TANTO com esses detalhes tão específicos por enquanto. São coisas que ficarão mais claras com o tempo e o contato com a língua.
Abraços!