Olá Edi,
Realmente, na maioria dos casos não tem lógica, nem pro nativo. É mais naquele esquema "é assim e pronto".
Na verdade, o significado de "to give in" é mais pra "ceder". Mesmo em português, o "ceder" pode ser sinônimo de "desistir" em alguns contextos, como:
- Depois de dois anos insistindo naquilo, eu finalmente cedi/desisti.
Ambos os verbos funcionam na frase acima. Em inglês também seria algo nesse sentido a diferença (e similaridade) entre os dois.
O mais fácil é ver os contextos onde esses (e qualquer outro) phrasal verb é utilizado, e entender como aplicá-los. Ficar nessa de tentar traduzir as palavrinhas (como "up", "in") não faz muito sentido aqui, pois muito frequentemente elas não tem nada a ver com o sentido do phrasal verb, como nos exemplos de:
- to give up (dar pra cima? - na verdade, "desistir")
- to make up (fazer pra cima? - na verdade, "inventar")
- to find out (achar pra fora? - na verdade, "descobrir")
- to make out (fazer pra fora? - na verdade, "discernir" ou "dar uns amassos", entre outros)
Abraços!