Clerrobsson,
Talvez as definições podem te ajudar na compreensão.
Na primeira frase que você citou, "Great! Now, if you have your passport, you can go straight to the airport.", o verbo have parece ser o mais adequado por expressar a ideia de posse (descrito na sessão "have verb (POSSESS)" da definição)
Já o verbo to be, de acordo com a primeira definição diz: "used to say something about a person, thing, or state, to show a permanent or temporary quality, state, job, etc.". Ou seja, definindo um estado e não a posse de algo.
Já nas outras frases citadas, como "Have you ever been in Brazil?", o verbo have tem a função de auxiliar (descrita na sessão "auxiliary verb [ + past participle ]" da definição).
Parece que a dúvida é gerada pelo fato de o verbo estar exercendo diferentes funções nas frases citadas.
Espero ter colaborado.