Olá Wesley,
Os dois podem ser traduzidos como "então", mas o sentido pode ser um pouco diferente.
O "so" é usado para dar uma conclusão, o efeito de uma relação causa-efeito, algo como "portanto":
- She's tall, so she doesn't wear high heels. (Ela é alta, então ela não usa salto alto.)
Já o "then" é o então no sentido de "coisa A aconteceu, e então, coisa B" aconteceu, algo como o "daí":
- First we went to the cinema and then to a bar. (Primeiro nós fomos ao cinema e então para um bar.)
Porem, o "then" também pode ser usado com esse sentido de "então" ou "nesse caso", geralmente no começo ou no final da frase, e aí eles são parecidos. Exemplo:
Respostas:
- So, what will he do?
- Then, what will he do?
- What will he do, then?
Sobre a sua pergunta específica, na frase "What would you like to have then?", o "so" poderia sim ser usado, mas lá no começo da frase: "So, what would you like to have?".
Já na frase "So maybe we should not come here next week", seria correta com "then" tanto no começo: "Then, maybe we should not come here next week" ou também no final: ""Maybe we should not come here next week, then".
Abraços!