Olá,
Primeiramente, lembre que no seu exemplo faltou colocar o verbo no gerúndio, então ficaria "Are you seeing the red car?"
Gramaticalmente, as duas são possíveis. Porém, aqui há uma nuance no sentido das duas perguntas.
A frase "Do you see that red car?" é mais neutra, e seria usada por nativos na maioria das situações.
A frase "Are you seeing that red car?" indicaria geralmente uma ênfase, uma surpresa ou irritação por parte da pessoa que está fazendo a pergunta.
- Do you see that red car? (Você vê/está vendo aquele carro vermelho?)
- Yes, I do. What about it? (Sim, eu vejo. O que tem ele?)
Porém:
- OH MY GOD! Are you seeing that red car?! It's amazing! I want it! (OH MEU DEUS! Você está vendo aquele carro vermelho?! Ele é incrível! Eu quero ele!)
No geral, seria mais ou menos essa a diferença.
Abraços!